元朝末年，流浪僧人朱元璋趁乱起兵，从采石矶渡江南下，攻下南京，改南京为应天府，登基称帝，确立了南京的首都地位。可以说，明代是南京历史上最辉煌的时期。除了明朝，南京的每一个王朝都短得不成气候，巨富沈万三为对明王朝表忠心，出资修建了南京的一半城墙，城墙建起，沈万三被判谋反，巍峨的中华门城楼见证了“狡兔死，走狗烹”的格言。后朱棣北迁，只留秦淮河水绕石城，剩下全世界最高最完整的城墙发着“雕栏玉砌应犹在，只是朱颜改”一般的幽怨。
今日之南京还有很多明朝遗迹可以追寻，最著名的便是明孝陵、明故宫遗址以及明城墙，它们不仅是风景名胜那么简单，明孝陵的规制和模式规范了其后五百多年的明清帝王陵寝的建筑格局，北京故宫是仿造南京明故宫所建，历经六百多年风雨，长约21.4公里的一段京城墙是现存世界第一大城垣，大多数城砖都有铭文，为后人留下了及其丰富的文化信息和十分珍贵的历史资料。
